Em 1945, uma descoberta no deserto egípcio trouxe à luz textos cristãos primitivos que retratam um Jesus Cristo radicalmente diferente daquele dos evangelhos canônicos. Entre eles estão os evangelhos de Tomé, Filipe e Marcião, que foram excluídos da Bíblia quando a Igreja estabeleceu uma versão oficial do cristianismo.
O evangelho de Filipe, escrito provavelmente no século 3, sugere um vínculo estreito entre Jesus e Maria Madalena. Um trecho afirma: 'O Salvador a queria mais que todos os discípulos. A beijou em sua...' — o restante da frase está ausente, mas especula-se que dizia 'boca', indicando uma relação mais íntima. O texto também apresenta Maria como fonte de conhecimento secreto sobre Jesus.
Já o evangelho de Tomé, uma coleção de ensinamentos do início do século 2, descreve Jesus como um ser místico que revela verdades ocultas, em vez de um sábio que morreu pelos pecados da humanidade. O nome 'Tomé' significa 'gêmeo' em aramaico, e o texto pode interpretá-lo como o gêmeo espiritual de Jesus, o discípulo ideal que compreendeu 'as palavras secretas do Jesus vivo'. Seus seguidores acreditavam que apenas alguns poucos eleitos poderiam entender esses ensinamentos e reconhecer a divindade e imortalidade inatas de Jesus.
Marcião, importante teólogo do século 2, propôs um cânone cristão com um único evangelho e dez epístolas de Paulo. Ele acreditava que Jesus era um ser divino enviado do céu, não um filho humano de Maria. Em 144, foi expulso da Igreja de Roma por sua teologia. O evangelho de Pedro, descoberto em 1887, sugere que Jesus tinha um poder divino que transcendia seu corpo: na cruz, ele teria dito 'Meu poder me abandonou', possivelmente indicando que seu espírito divino subiu ao céu enquanto o corpo ficava. O texto também descreve a ressurreição de forma vívida, com Jesus saindo do túmulo acompanhado de sua cruz falante.
Esses evangelhos, escritos nos séculos 2 e 3, eram por vezes elitistas, falando de uma iluminação misteriosa por meio de significados ocultos. Uma possível razão para sua exclusão do Novo Testamento é que não foram concebidos para serem lidos como escrituras da Igreja, mas apenas por alguns poucos eleitos. Quando o imperador Constantino se converteu ao cristianismo em 312, buscou-se padronizar as doutrinas e criar um cânone unificado, levando à supressão das escrituras apócrifas, que deixaram de ser reproduzidas.
